VMD on Tesla GPUs
VMD는 3D 그래픽 및 내장 스크립트를 이용하여 대규모 생체 분자 시스템을 표시하고, 이를 애니메이션으로 표현하거나 분석하기 위한 분자 시각화 프로그램입니다. VMD에 포함된 다양한 핵심 커널과 어플리케이션은 NVIDIA GPU의 대규모 병렬 CUDA 아키텍처를 활용하고 있습니다. 이러한 어플리케이션에서 NVIDIA CUDA GPU를 사용하면 CPU에서 실행하는 경우와 비교했을 때, 20~100배 더 빠른 성능을 제공합니다. 아래에서 보다 자세한 내용을 살펴보십시오.
다운로드 및 설치
- VMD 1.8.7 바이너리 다운로드 (UIUC 이용)
- 릴리스 노트
벤치마킹 데이터
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| 데이터 제공: 이론 및 전산 생물 물리학 그룹, UIUC |
GPU를 활용한 VMD의 상세 벤치마크 내용은 NVIDIA VMD 벤치마크 페이지를 참고하시기 바랍니다.
프레젠테이션
- VMD 및 NAMD에서 GPU 가속에 관한 Klaus Schluten 그룹의 발표 문서 및 프레젠테이션
- SC09: GPU 컴퓨팅을 이용한 분자 모델링 어플리케이션 가속화 - 일리노이 대학교 어버너-섐페인 캠퍼스, Beckman 첨단 과학기술 연구원, John Stone
- 2009 GPU 기술 컨퍼런스: VMD의 GPU 가속 시각화 및 분석 - 일리노이 대학교 어버너-섐페인 캠퍼스, Beckman 첨단 과학기술 연구원, John Stone
- GPU를 사용한 분자 역학 어플리케이션 가속화에 관한 추가 문서
인터뷰 / 비디오
- From SC09: Illinois 대학의 John Stone이 GPU를 이용하여 VMD 412X를 보다 빠르게 실행하는 방법을 설명합니다
- NVIDIA nTersect의 SC09 BLOG: NVIDIA GPU를 이용한 H1N1 바이러스 연구
토론 포럼
GPU 솔루션
Tesla Bio Workbench 어플리케이션은 GPU 기반의 개인용 데스크톱 슈퍼컴퓨터 또는 데이터 센터 솔루션에 활용이 가능합니다. 혁신적인 대규모 병렬 CUDA 아키텍처를 기반으로 하는 이러한 솔루션은 계산 과학의 진보를 가속화하도록 설계되었습니다.
권장 하드웨어 구성
| 데스크톱 워크스테이션 구성 | 데이터 센터 구성 |
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