분자 궤도 디스플레이

분자 궤도 시각화(MO)는 양자 화학 시뮬레이션 결과를 분석할 때 중요한 역할을 합니다.

차트 결과에서 확인할 수 있듯이 GPU는 실시간 계산만을 이용하여 사상 처음으로 양자 화학 시뮬레이션 궤적을 상호작용 방식의 애니메이션으로 구현해줍니다.

• CPU 실행 시간: 10~100초
• GPU 실행 시간: 0.3초 이내

VMD에서 어플리케이션의 속도는 Tesla GPU의 수에 비례하여 증가합니다.

• Tesla GPU 3개: 323배 가속
• Tesla GPU 4개: 412배 가속

VMD에서 분자 궤도 계산

이온 배치

바이러스와 같은 매우 큰 구성체를 쿨롬(Coulomb)을 기반으로 이온화하려면 가장 최신의 CPU 클러스터를 이용한다고 해도 며칠 이상이 소요됩니다.

VMD의 GPU 기반 이온 배치 도구는 정전위 맵 계산 속도를 향상시켜 4 Tesla C1060 GPU로 1.78 테라플롭의 실제 성능을 얻을 수 있습니다. GPU를 사용하면 평균 필드의 사전 계산이 가능하여 분자 역학(MD) 코드 내에서 실시간으로 계산할 수 있습니다.

직접 쿨롬 합산(69배 빠름)

절대적 리간드 샘플링

절대적 리간드(ligand) 샘플링은 단백질 내에서 기체 이동 경로를 찾는 데 이용됩니다. 이 방식은 O2, CO 등의 분자가 단백질 내로 들어가는 작용 기전을 밝히는 연구에 이용되며, 특히 대체 연료 및 에너지 연구에 유용합니다.

CPU에서 2개월 이상이 소요되는 ILS 실행 작업이 단일 Tesla C1060 GPU 환경에서는 단 3일 밖에 걸리지 않습니다.

VMD에서 절대적 리간드 샘플링(20배 빠름)