CUDASW++ on Tesla GPUs
CUDASW++는 Smith-Waterman 단백질 데이터베이스 연구를 지원하는 바이오인포매틱스 소프트웨어입니다. NVIDIA Tesla GPU의 대규모 병렬 CUDA 아키텍처를 활용하여 NCBI BLAST보다 염기 서열 연구를 10~50배 빠르게 진척시킵니다. CUDASW++는 최대 59K의 쿼리 길이를 지원합니다.
다운로드 및 설치
- CUDASW++ 다운로드
- CUDASW++ 릴리스 노트(설치 및 사용 설명서)
벤치마킹 데이터
CUDASW++는 다수의 Tesla GPU를 사용할 수 있으며 NCBI BLAST보다 10~50배 빠르게 작동하여 5,000 문장이 넘는 쿼리에서 최대 30GCUP의 성능을 발휘합니다. BLAST는 발견적 알고리즘(Heuristic Algorithm)이지만 CUDASW++는 Smith-Waterman 알고리즘을 사용하여 최적의 국부 정렬을 수행합니다.
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기술 문서
- CUDASW++: CUDA 지원 GPU를 이용한 Smith-Waterman 염기 서열 데이터베이스 연구 최적화 , Y. Liu, D. Maskell, B. Schmidt: BMC Research Notes 2009, 2:73
- GPU를 사용한 바이오인포매틱스 어플리케이션 가속화에 관한 추가 자료
토론 포럼
GPU 솔루션
Tesla Bio Workbench 어플리케이션은 GPU 기반의 개인용 데스크톱 슈퍼컴퓨터 또는 데이터 센터 솔루션에 활용이 가능합니다. 혁신적인 대규모 병렬 CUDA 아키텍처를 기반으로 하는 이러한 솔루션은 계산 과학의 진보를 가속화하도록 설계되었습니다.
권장 하드웨어 구성
| 데스크톱 워크스테이션 구성 | 데이터 센터 구성 |
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