MUMmerGPU on Tesla GPUs
MUMmerGPU는 GPU를 사용하여 염기 서열 정렬 작업의 처리 속도를 향상시켜 주는 바이오인포매틱스 소프트웨어입니다. 이 소프트웨어는 NVIDIA Tesla GPU의 대규모 병렬 CUDA 아키텍처를 활용함으로써 단일 참조 염기 서열을 기준으로 다수의 쿼리 염기 서열을 빠르게 정렬합니다.
다운로드 및 설치
- MUMmerGPU 다운로드
- 다운로드 소프트웨어에는 설치 가이드가 함께 포함되어 있습니다.
벤치마킹 데이터
MUMmerGPU (version 2.0)는 CPU에서 MUMmer를 실행하는 것과 비교하여 3~4배 향상된 속도를 제공합니다. 아래 차트에 나타낸 데이터는 MUMmerGPU 버전 1.0을 기준으로 하고 있으며, 곧 업데이트된 자료가 제공될 예정입니다.
 메릴랜드 대학 데이터 제공 |
기술 문서
- GPU를 이용한 높은 처리량의 염기 서열 정렬 , M. Schatz 등: BMC Bioinformatics 2007
- DNA 염기 서열 정렬 작업을 위해 데이터 집약적 GPGPU 계산 최적화 , C. Trapnell, M. Schatz: Parallel Computing Aug 2009
- GPU를 사용한 바이오인포매틱스 어플리케이션 가속화에 관한 추가 자료
토론 포럼
GPU 솔루션
Tesla Bio Workbench 어플리케이션은 GPU 기반의 개인용 데스크톱 슈퍼컴퓨터 또는 데이터 센터 솔루션에 활용이 가능합니다. 혁신적인 대규모 병렬 CUDA 아키텍처를 기반으로 하는 이러한 솔루션은 계산 과학의 진보를 가속화하도록 설계되었습니다.
권장 하드웨어 구성
| 데스크톱 워크스테이션 구성 | 데이터 센터 구성 |
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