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GPU 어플리케이션

분자역학

분자역학 애플리케이션은 엔비디아 GPU의 고도 병렬구조에 적용이 매우 용이하다. NAMD와 HOOMD와 같은 분자역학 소프트웨어 패키지와 VMD 관련 연구내용은 아래 표에서 확인할 수 있다.

Molecular Dynamics Lennard Jones

GPU 클러스터에서 NAMD 스케일링
이론 및 전산 생물 물리학 그룹 UIUC

CUDA를 위한 분자역학 소프트웨어 다운로드
> HOOMD: 고도로 최적화된 목적 중심의 분자 역학
> LAMMPS GPU 포트
> GPUGrid.net
> GPU에서 빠른 분자 역학 작업을 지원하는 OpenMM 라이브러리
> ACEMD Bio-molecular dynamics package
> BigDFT : DFT (Density functional theory) electronic structure code - Paper PDF
> TeraChem: CUDA GPU를 기초로 개발된 최초의 양자 화학 코드


 
CUDA에 관한 분자 역학에 대한 기술보고서
> VASP 가속화: GPU를 이용한 Plane-Wave의 전자구조 계산 속도 향상
> NAMD와 VMD 출판물
> GPU 하드웨어에서 부드러운 PME (Particle-Mesh Ewald) 방법론 구현
> GPU에서 AMBER 분자 역학 시뮬레이션 가속화
> HOOMD
> 형광 현미경술
> MD 시뮬레이션을 위한 그래픽 능력의 배양
> @home 폴딩 (GROMACS의 운용)
> Todd Martinez work on Quantum Chemistry on GPUs
> Q-Chem on CUDA

CUDA 가속 특화 솔루션
> 계산 화학
> 의학 이미징
> 바이오인포매틱스 및 생명 과학
> C, C++, FORTRAN용 ArrayFire GPU 함수 라이브러리
> MATLAB 가속화
 
참고자료
> Tesla/CUDA 성공 사례
> 기타 Tesla 특화 솔루션
> CUDA 소프트웨어 개발 도구 및 라이브러리
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