분자역학
분자역학 애플리케이션은 엔비디아 GPU의 고도 병렬구조에 적용이 매우 용이하다. NAMD와 HOOMD와 같은 분자역학 소프트웨어 패키지와 VMD 관련 연구내용은 아래 표에서 확인할 수 있다.
NVIDIA Tesla Bio Workbench 도입으로 생물 물리학자와 계산 화학자는 생화학 연구의 지평을 넓힐 수 있는 도구를 이용하여 과학적 워크플로우를 최적화하고 연구를 보다 신속하게 진행할 수 있습니다. 자세히 알아보기
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| 앰버(AMBER)에서의 일반화 보른(Generalized Born) 샌디에고 슈퍼컴퓨팅 센터 |
GPU 클러스터에서 NAMD 스케일링 이론 및 전산 생물 물리학 그룹 UIUC |
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CUDA를 위한 분자역학 소프트웨어 다운로드
- VMD에서의 GPU 가속 알아보기
- CUDA 가속화를 포함한 NAMD 2.7 베타 2
- HOOMD: 고도로 최적화된 목적 중심의 분자 역학
- LAMMPS GPU 포트
- MDGPU
- GPUGrid.net
- GPU에서 빠른 분자 역학 작업을 지원하는 OpenMM 라이브러리
- OpenMM을 이용한 GROMACS
- ACEMD Bio-molecular dynamics package
- AMBER (예정) – OpenMM을 이용한 문서 참조
- BigDFT : DFT (Density functional theory) electronic structure code - Paper PDF
- TeraChem: CUDA GPU를 기초로 개발된 최초의 양자 화학 코드
- VASP 가속화: GPU를 이용한 Plane-Wave의 전자구조 계산 속도 향상
- NAMD를 위한 슈퍼컴퓨팅 '08 중 CUDA 튜토리얼 그리고 VMD
- NAMD와 VMD 출판물
- GPU 하드웨어에서 부드러운 PME (Particle-Mesh Ewald) 방법론 구현
- GPU에서 AMBER 분자 역학 시뮬레이션 가속화
- HOOMD
- 형광 현미경술
- MD 시뮬레이션을 위한 그래픽 능력의 배양
- @home 폴딩 (GROMACS의 운용)
- 애스캘라프 유체 MD
- 표준 장비에서 정기적인 마이크로초 분자 역학 시뮬레이션 경향 – 캘리포니아대학 샌디에이고 캠퍼스
- 고체 공유성 결정의 GPU 가속화 분자 역학 시뮬레이션 – 중국 과학원
- 첨단 GPU 분자 역학: HOOMD-블루의 강체 – 조슈아 앤더슨
- 혁신적인 대규모 병렬처리 분자 역학 소프트웨어 – IFPEN
- 컴퓨터를 활용한 새로운 탄소 포획 물질 스크리닝 – UC 버클리/버클리 연구소
- GPU 가속화 슈퍼컴퓨터에 기반한 페타 단위 분자 역학 시뮬레이션 – 일리노이대학 어바나-샴페인 캠퍼스
- 단백질 및 RNA 조립의 GPU 기반 분자 역학 시뮬레이션 – 웨이크포레스트대학교
- VMD: GPU에 기반한 고성능 분자 시각화 및 분석 – 일리노이대학 어바나-샴페인 캠퍼스
- GPU 컴퓨팅에 필요한 영구 스레드 스타일 프로그래밍 모델에 대한 연구 – UC 데이비스
- 신경과학 분야의 테라 규모 볼륨 시각화 - KAUST
- GPU를 활용한 고분자 시뮬레이션: 도전과 기회 – 델라웨어대
- GPU에 기반한 마이크로초 분자 역학에서 바이오-나노 인터페이스 구조 프로빙 – 케이스웨스턴리저브대학교
- 분자 역학 어플리케이션에 강력한 확장성 – NVIDIA
- GROMACS의 이기종 GPU 아키텍처에서 효율적인 분자 역학 – KTH 왕립 공과대
- 분자 역학, GPU 및 EC2 – 아마존 웹 서비스
GTC On-Demand에서 더 많은 자료를 확인할 수 있습니다.
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