CUDA-MEME on Tesla GPUs
CUDA-MEME는 MEME (version 3.5.4)에 기반한 모티프 디스커버리 소프트웨어로, NVIDIA Tesla GPU의 대규모 병렬 CUDA 아키텍처가 제공하는 이점을 통해 MEME를 가속화합니다. 이는 MEME의 OOPS와 ZOOPS 모델을 지원합니다.
다운로드 및 설치
- CUDA-MEME 다운로드
- 다운로드 소프트웨어에는 설치 가이드와 사용 설명서가 함께 포함되어 있습니다.
벤치마킹 데이터
하나의 Tesla C1060 GPU에서 실행되는 CUDA-MEME는 x86 CPU에서 실행되는 MEME보다 최대 23배 빠르게 작동합니다. 결과적으로, CPU에서 수 시간이 소요되었던 컴퓨팅 작업이 GPU를 사용하면 단 몇 분 만에 완료됩니다. 아래 차트의 데이터는 4개의 데이터 집합에 대한 OOPS (One Occurrence per Sequence) 모델을 바탕으로 합니다.
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기술 문서
- CUDA-MEME: CUDA 지원 GPU를 이용한 생물 염기 서열에서의 모티프 발견 가속화 , Y. Liu, B. Schmidt, W. Liu, D. Maskell: Pattern Recognition Letters, 2009년 10월
- GPU-MEME: 그래픽 하드웨어를 이용하여 DNA 염기 서열에서의 모티프 발견 가속화, C. Chen 등, Lecture Notes in Computer Science, Volume 5265, 2008
- GPU를 사용한 바이오인포매틱스 어플리케이션 가속화에 관한 추가 자료
토론 포럼
GPU 솔루션
Tesla Bio Workbench 어플리케이션은 GPU 기반의 개인용 데스크톱 슈퍼컴퓨터 또는 데이터 센터 솔루션에 활용이 가능합니다. 혁신적인 대규모 병렬 CUDA 아키텍처를 기반으로 하는 이러한 솔루션은 계산 과학의 진보를 가속화하도록 설계되었습니다.
권장 하드웨어 구성
| 데스크톱 워크스테이션 구성 | 데이터 센터 구성 |
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