GPU-HMMER on Tesla GPUs
GPU-HMMER는 NVIDIA Tesla GPU의 대규모 병렬 CUDA 아키텍처를 활용하여 프로파일 HMM으로 단백질 염기 서열 정렬 작업을 수행하는 바이오인포매틱스 소프트웨어입니다. GPU-HMMER는 HMMER (2.0)에 비해 60~100배 빠르게 작동합니다.
다운로드 및 설치
벤치마킹 데이터
GPU-HMMER는 GPU를 사용하여 HMM 연구 도구의 처리 속도를 향상시켜 60~100배에 달하는 속도 향상을 실현합니다. GPU-HMMER는 한 대의 워크스테이션에서 다수의 Tesla GPU를 활용함으로써 CPU에서 수 시간이 소요되었던 연구를 GPU 환경에서 단 몇 분만에 완료할 수 있도록 해줍니다.
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기술 문서
- 간 이미지 세분화(Image Segmentation) 및 HMMER 데이터베이스 연구에서 GPU 활용도 평가 , J. P. Walters, V. Balu, S. Kompalli 및 V. Chaudhary: 국제 병렬 및 분산 프로세싱 심포지엄(IPDPS), 2009
- GPU를 사용한 바이오인포매틱스 어플리케이션 가속화에 관한 추가 자료
토론 포럼
GPU 솔루션
Tesla Bio Workbench 어플리케이션은 GPU 기반의 개인용 데스크톱 슈퍼컴퓨터 또는 데이터 센터 솔루션에 활용이 가능합니다. 혁신적인 대규모 병렬 CUDA 아키텍처를 기반으로 하는 이러한 솔루션은 계산 과학의 진보를 가속화하도록 설계되었습니다.
권장 하드웨어 구성
| 데스크톱 워크스테이션 구성 | 데이터 센터 구성 |
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