GROMACS on Tesla GPUs
GROMACS는 복잡하고 다양하게 결합되어 상호작용하는 단백질, 지질 및 핵산 등의 생화학 분자 시뮬레이션에 주로 사용하기 위해 설계된 분자 역학 패키지입니다. 현재 GPU 가속화를 지원하는 GROMACS의 CUDA 포트를 베타 버전으로 제공하고 있으며 임의적 비결합 상호작용 형태인 PME (Particle-Mesh-Ewald)와 Implicit Solvent Generalized Born 방법을 지원합니다.
다운로드 및 설치
벤치마킹 데이터
GROMACS의 CUDA 버전은 현재 단일 GPU를 지원하며 다음과 같은 결과를 제공합니다.
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| 데이터 제공: Biomembrane Research 스톡홀름 센터 |
기술 문서
- M. S. Friedrichs, P. Eastman, V. Vaidyanathan, M. Houston, S. LeGrand, A. L. Beberg, D. L. Ensign, C. M. Bruns, V. S. Pande. “ GPU (Graphics Processing Unit)에서 분자 역학 시뮬레이션 가속화 .” J. Comp. Chem., 30(6):864-872. (2009)
- GPU를 사용한 분자 역학 어플리케이션 가속화에 관한 추가 문서
- GPU를 사용한 양자 화학 어플리케이션 가속화에 관한 추가 문서
토론 포럼
GPU 솔루션
Tesla Bio Workbench 어플리케이션은 GPU 기반의 개인용 데스크톱 슈퍼컴퓨터 또는 데이터 센터 솔루션에 활용이 가능합니다. 혁신적인 대규모 병렬 CUDA 아키텍처를 기반으로 하는 이러한 솔루션은 계산 과학의 진보를 가속화하도록 설계되었습니다.
권장 하드웨어 구성
| 데스크톱 워크스테이션 구성 | 데이터 센터 구성 |
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