CUDA-EC on Tesla GPUs
CUDA-EC는 빠른 해석을 위해 고속 병렬 처리로 염기 서열 오류를 수정하는 도구입니다. 이는 NVIDIA Tesla GPU의 대규모 병렬 CUDA아키텍처를 활용하여 HTSR (High-Throughput Short-Read) 데이터에서 염기 서열 오류를 수정하고 HTSR의 처리 성능을 가속화합니다. 오류 수정은 방대한 DNA 단편 조립(Fragment Assembly) 도구를 사용하기 위한 전처리 단계로서 새로운 고속 염기 서열 처리 시스템에 매우 유용하게 이용될 수 있습니다.
다운로드 및 설치
- CUDA-EC 다운로드
- 다운로드 소프트웨어에는 설치 가이드와 사용 설명서가 함께 포함되어 있습니다.
벤치마킹 데이터
하나의 Tesla C1060 GPU에서 실행되는 CUDA-EC는 x86 CPU에서 실행되는 Euler-SR보다 최대 20배 빠르게 작동합니다. 그 결과 CPU에서 수 분이 소요되었던 컴퓨팅 작업이 GPU에서는 불과 몇 초 만에 완료됩니다. 아래 차트의 데이터는 A1, A2, A3로 나타낸 1%, 2%, 3%의 오류율이며, 5가지 참조 게놈에 동일하게 적용됩니다.
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기술 문서
- CUDA를 이용하여 HTSR (High-Throughput Short-Read) DNA 염기 서열 데이터의 오류 수정 가속화 , H. Shi 등: 고성능 계산 생물학에 관한 국제 워크숍 (HiCOMB 2009)
- CUDA 지원 그래픽 하드웨어에서 HTSR (High-Throughput Short-Read) 데이터의 오류 수정을 위한 병렬 알고리즘, H. Shi 등: Journal of Computational Biology에 게재 예정
- GPU를 사용한 바이오인포매틱스 어플리케이션 가속화에 관한 추가 자료
토론 포럼
GPU 솔루션
Tesla Bio Workbench 어플리케이션은 GPU 기반의 개인용 데스크톱 슈퍼컴퓨터 또는 데이터 센터 솔루션에 활용이 가능합니다. 혁신적인 대규모 병렬 CUDA 아키텍처를 기반으로 하는 이러한 솔루션은 계산 과학의 진보를 가속화하도록 설계되었습니다.
권장 하드웨어 구성
| 데스크톱 워크스테이션 구성 | 데이터 센터 구성 |
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