연구 활동을 위한 CUDA
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여러 질병의 원인인 바이러스는 가장 작은 생물 유기체로 알려져 있습니다. 컴퓨팅 생물학자들은 바이러스의 단순함과 미세함 때문에 컴퓨터를 이용하여 완전한 생명체의 시뮬레이션을 만드는 데, 바이러스 중에서도 가장 미세한 위성 담배 모자이크 바이러스 (satellite tobacco mosaic virus)를 채택하였다. 연구원들은 일리노이 대학의 NAMD (Nanoscale Molecular Dynamics) 프로그램을 이용하여 소금물 한 방울에 바이러스를 시뮬레이팅 했다. |
STMV 개요, 바이러스 게놈을 둘러싸 보호하고 있는 캡시드 (capsid). |
STMV 캡시드의 정20면체(icosahedral) 배치도. |
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NAMD는 쿠다(CUDA™)를 기반으로 무려 12배까지 가속화 되어, 단일 CPU 코어와 비교하여 NCSA(National Center for Supercomputing Applications)에서 GPU 기반 클러스터에서 구동했을 때 330X의 획기적인 성능 향상도를 보였다. 연구원들은 이러한 과정이 현대의학에서 바이러스성 질환을 이해하고 치료하는데 도움이 될 것으로 긍정적으로 보고 있습니다.
보다 자세한 정보는 www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ 에서 확인할 수 있습니다. |
 CUDA 가속화 프로그램으로 바이러스 게놈과 결합하는 이온 사이트 (주황색)를 찾아냄. |
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