CUDA-BLASTP on Tesla GPUs
CUDA-BLASTP는 NVIDIA Tesla GPU의 대규모 병렬 CUDA 아키텍처를 활용, 단백질 염기 서열 데이터베이스를 스캔하는 데에 사용되는 NCBI BLAST의 처리를 가속화하기 위해 설계되었습니다. CUDA-BLASTP는 CUDA-BLASTP로 FASTA 포맷의 데이터베이스를 읽을 수 있도록 변환해주는 유틸리티를 함께 제공합니다.
다운로드 및 설치
- CUDA-BLASTP다운로드
- CUDA-BLASTP Readme (설치, 사용 설명서)
벤치마킹 데이터
두 개의 Tesla C1060 GPU를 탑재한 워크스테이션 환경에서 실행되는 CUDA-BLASTP의 경우, Intel i7-920 CPU에서 실행되는 NCBI BLAST (2.2.22)과 비교할 때 10배 이상 빠르게 작동합니다. 결과적으로, CPU 환경에서 수 분이 소요되었던 컴퓨팅 작업이 GPU를 사용함으로써 단 몇 초 만에 완료될 수 있습니다.
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기술 문서
- 싱가포르에 위치한 난양 기술 대학에서 CUDA-BLASTP에 대해 작성한 기술 보고서를 제공할 예정입니다.
- GPU를 사용한 바이오인포매틱스 어플리케이션 가속화에 관한 추가 자료가 발표되었습니다.
토론 포럼
GPU 솔루션
Tesla Bio Workbench 어플리케이션은 GPU 기반의 개인용 데스크톱 슈퍼컴퓨터 또는 데이터 센터 솔루션에 활용이 가능합니다. 혁신적인 대규모 병렬 CUDA 아키텍처를 기반으로 하는 이러한 솔루션은 계산 과학의 진보를 가속화하도록 설계되었습니다.
권장 하드웨어 구성
| 데스크톱 워크스테이션 구성 | 데이터 센터 구성 |
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