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GPU 어플리케이션

생체정보종합분석 및 생명과학

염기서열 및 단백질 결합은 매우 정교한 컴퓨팅을 요하며 CUDA 기반의 GPU로 상당한 성능 이점을 누릴 수 있습니다. 보다 다양한 생명과학 코드나 생체정보종합분석 분야에서 GPU를 활용하기 위한 연구가 진행되고 있습니다.

GPU technology conference

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생체정보종합분석을 위한 CUDA 이용 기술 보고
> High-performance computational pipeline for metagenomic data analysis
>  MrBayes on GPU
> 생물계를 위한 확률적 시뮬레이션 알고리즘 (Stochastic simulation algorithm)
> 인간 시각령(시신경으로부터 흥분을 받아들이는 대뇌 피질의 부분)의 자기조직화 컴퓨테이션 모델

도킹

> 3차원 단백질 결합(Docking)
> CUDA를 이용한 PIPER 가속화
> 위스콘신 대학의 단백질 도킹 연구데이비드 다이너만(David Dynerman) 인터뷰 동영상
> 미국국립암협회(National Cancer Institute)의 제크 콜린스 (Jack Collins)가 말하는 GPU 컴퓨팅

서열정렬

> CUSHAW: a CUDA compatible short read aligner to large genomes
> MUMmerGPU: GPU를 이용한 대량염기서열
> CUDASW++: Smith-Waterman 시퀀스 데이터베이스 검색
> CUDA이용한 Smith-Waterman 서열분석
> CUDA를 이용한 생명정보학 논문
> Infernal-GPU: CUDA로 가속화된 RNA 정렬, Infernal (RNA 정렬의 INFERence)
> SWAMP 서열정렬
> CMatch: 빠른 단백질 및 염기 서열 문자열 매칭
 
CUDA를 이용한 생체정보종합분석 소프트웨어
> MUMmerGPU: CUDA를 이용한 대량염기서열결정
> GPU에 대한 Smith-Waterman 코드
> CUDA기반 GPU를 이용한 폴딩앳홈(Folding @ home)
> LISSOM: model of human neocortex using CUDA
> CUDA 기반 Silicon Informatics 의 오토도크 (AutoDock)

관련 업계 CUDA 가속화
> 의료 이미징
> 분자 동영학
> 컴퓨터 화학
> C, C++, FORTRAN용 ArrayFire GPU 함수 라이브러리
> MATLAB®

참고자료
> Tesla/CUDA 성공 사례
> 기타 Tesla 특화 솔루션
>  CUDA 소프트웨어 개발 도구 및 라이브러리
> Buy Tesla