AMBER on Tesla GPUs
AMBER의 명시적 솔벨트인 PME(Particle Mesh Ewald) 분자 동역학과 암시적 솔벤트인 GB(Generalized Born) 시뮬레이션이 CUDA 기반의 GPU를 사용해 가속화되었습니다. CUDA 아키텍처에 탑재된 Tesla GPU 컴퓨팅 솔루션을 사용했을 때 단일 쿼드 코어 CPU와 비교하여 10배 이상 속도가 향상되었습니다.
다운로드 및 설치
- AMBER 11 다운로드(CUDA GPU 지원)
- Implicit Solvent Generalized Born 시뮬레이션
- NVE, NVT 및 NPT 정준 앙상블에서 지원되는 Explicit Solvent PME 시뮬레이션
- 다운로드 페이지에서 설치 가이드도 제공합니다.
벤치마킹 데이터
Explicit Solvent PME 및 Implicit Solvent GB 벤치마크를 위한 벤치마크 데이터. 자세한 내용은 샌디에이고 슈퍼컴퓨팅 센터가 제공하는 AMBER 11 NVIDIA 벤치마크 페이지에서 확인할 수 있습니다.
 |
 |
기술 문서 및 프레젠테이션
- AMBER 11 GPU 가속화 연구에 대한 새로운 문서들이 곧 공개될 예정입니다.<0}
- AMBER 분자 역학 시뮬레이션의 전기를 마련한 새로운 Tesla M2090 CPU (New Flagship Tesla M2090 CPU Sets Record for AMBER Molecular Dynamics Simulation)
- 2010 GPU 기술 컨퍼런스, “GPU 및 GPU 클러스터를 위한 분자 역학 재설계(Redesigning MOlecular Dynamics for GPUs and GPU Clusters)” – Scott Le Grand, NVIDIA
- 2010 GPU 기술 컨퍼런스, “주요 분자 역학 패키지의 GPU 구형(Bringing GPUs to Mainstream Molecular Dynamics Packages)” – Ross Walker, The San Diego Supercomputer Center
- AMBER에 대한 NVIDIA CUDA 지원 개요 - 학습 내용, 기능(Overview of NVIDIA CUDA Support in AMBER- Lessons Learned, Capabilities Gained) – Ross Walker, The San Diego Supercomputer Center, 2009 GPU 기술 컨퍼런스
- 2009 GPU 기술 컨퍼런스 GPU 기반의 계산 생체 물리학 및 광범위한 정전기학(Computational Biophysics and Long Range Electrostatics on GPUs – Scott Le Grand, NVIDIA
- More publications on accelerating molecular dynamics applications using GPUs GPU를 사용한 분자 역할 어플리케이션 가속화에 관한 추가 문서
- GPU를 사용한 양자 화학 어플리케이션 가속화에 관한 추가 문서
토론 포럼
인터뷰 / 비디오
- GPU 기술 컨퍼런스 2010, NVIDIA CEO Jen-Hsun Huang의 기조 연설 동영상
- NVIDIA nTersect의 SC09 BLOG: AMBER 리서치 코드, NVIDIA CUDA를 이용하여 우수한 결과 실현
GPU 솔루션
Tesla Bio Workbench 어플리케이션은 GPU 기반의 개인용 데스크톱 슈퍼컴퓨터 또는 데이터 센터 솔루션에 활용이 가능합니다. 혁신적인 대규모 병렬 CUDA 아키텍처를 기반으로 하는 이러한 솔루션은 계산 과학의 진보를 가속화하도록 설계되었습니다.
권장 하드웨어 구성
| 데스크톱 워크스테이션 구성 | 데이터 센터 구성 |
|
|
 |
 |
|